影響藥材安全的因素很多，主要有農藥、重金屬殘留、不當加工(漂白、染色、薰蒸)、黃麴毒素、微生物及馬兜鈴酸等…，其他更有偽藥及混用、誤用等問題。而台灣受限於地形、氣候因素，本地中藥材產量極少，大都是仰賴國外供應，以2012年來看，中藥總進口量為43,606公噸，其中有將近90%由中國進口。近年來中國大陸黑心食品事件頻傳，讓不少人擔心市售中藥材的安全性。 今年4月主婦聯盟送檢一般常用藥材10項做重金屬(砷、鉛、鎘、汞、銅)殘留檢測，竟然全部都驗出殘留！其中產婦坐月子時經常會大量食用的杜仲竟驗出鉛、鎘、銅3種殘留，經常入菜的百合也驗出鎘1.5ppm、銅6.6ppm殘留。
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