自由經濟示範區原本是為了台灣進一步貿易自由化，如為加入TPP等區域貿易自由化而先行先試，但是其條例的設計卻和原先的目的背道而馳。 首先，未來台灣加入TPP後可能進口的農產品，包括稻穀、蔬菜和畜產品，這些進口農產品用來做為食品加工的比例甚低，但自經區的農業加值設計是在協助食品加工業者獲得更便宜的國外農業原料，故宣稱為加入TPP而設計的自經區是一不實之說。 第二點錯誤就是任何自由貿易的協定中，會有一些重大敏感性產品受到保護，如美韓的FTA中，韓國就有近2.5%的農產品獲得關稅配額的保護，而且即使是開放的農產品，也是分十年或二十年才零關稅。但是台灣自經區所引進國外農產品是一次到位的零關稅，全球農業生產的國家只有台灣才如此設計，這對台灣的農民以及其所帶來糧食安全、文化、生態環境貢獻的農業是一嚴重打擊。
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